ecpaysage2
est un package R créé pour accompagner l’école chercheur Paysage et santé des plantes : Analyser, comprendre et modéliser les processus écologiques en jeu.
Il contient des jeux de données et d’autres ressources qui seront utilisées durant la formation.
Notez qu’ecpaysage2
doit être installé sur une version de R >= 3.2.2.
Il est également nécessaire d’avoir installé les packages suivants et leurs dépendances :
-mvtnorm
-RandomFields
-splancs
-FeedbackTS
-ape
-sp
-rgdal
-SDMTools
-maptools
-ade4
-raster
-gstat
-geoR
-sf
ECPaysage
n’est pas dépendant de ces packages au sens strict du terme mais ceux-ci seront utilisés au cours des TDs, il est donc préférable d’installer ces ressources avant l’école pour ne pas avoir de problème.
Comment intaller un package ?
Sous R
(c’est-à-dire dans la console) tapez :
Le package vous a été distribué sous la forme d’un fichier “source” ecpaysage2_x.x.tar.gz
L’installation se fera donc “en local”.
Dans R :
Sous linux :
où “…ecpaysage2_x.x.tar.gz” est le chemin complet vers le fichier ecpaysage2_x.x.tar.gz
Le package contient de la documentation sous forme de fichier html (les fameuses vignettes ou “long-form documentation” de R et des jeux de données.
ecpaysage2
ne contient aucun fonction spécifique.
ecpaysage2
contient plusieurs fichiers shapefiles dont un jeu de deux fichiers complémentaires
naizin_parcellaire_2013_L93.shp
naizin_lineaire_2013_L93.shp
Il s’agit de données colectées par … et … [références biblio].
Les fichiers se trouvent dans le dossier d’installation du package sur votre machine.
On y accède de la façon suivnate :
parcellairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_parcellaire_2013_L93.shp", sep='')
lineairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_lineaire_2013_L93.shp", sep='')
library(sf) ; library(maptools)
## Linking to GEOS 3.7.1, GDAL 2.4.0, PROJ 5.2.0
## Loading required package: sp
## Checking rgeos availability: TRUE
## Reading layer `naizin_parcellaire_2013_L93' from data source `/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/naizin_parcellaire_2013_L93.shp' using driver `ESRI Shapefile'
## Simple feature collection with 1272 features and 10 fields
## geometry type: POLYGON
## dimension: XY
## bbox: xmin: 263214.8 ymin: 6779599 xmax: 267891.7 ymax: 6785907
## epsg (SRID): NA
## proj4string: +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs
## Reading layer `naizin_lineaire_2013_L93' from data source `/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/naizin_lineaire_2013_L93.shp' using driver `ESRI Shapefile'
## Simple feature collection with 209 features and 1 field
## geometry type: LINESTRING
## dimension: XY
## bbox: xmin: 263205.6 ymin: 6779570 xmax: 267926.1 ymax: 6786210
## epsg (SRID): NA
## proj4string: +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs
## Shapefile type: Polygon, (5), # of Shapes: 1272
## [1] C L M E F W O A Z X
## Levels: A C E F L M O W X Z
Le package contient un ficher raster utilisé comme exemple dans les TD de l’école.
Comme dans le cas des shapefiles, il se trouve sur votre machine dans le dossier “extdata” associé au package ecpaysage2.
Tapez le code suivant pour savoir où se trouve ce dossier :
## [1] "/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata"
Pour lire un fichier contenu dans le dossier extdata
il faut connaître le chemin complet vers ce fichier. Par exemple, pour le fichier r.tif
la fonction system.file
indique :
## [1] "/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/r.tif"
On peut lire ce fichier comme on le fait pour n’importe quel autre fichier geotiff :
r
est un objet de la classe RasterLayer
(package raster
)
## class : RasterLayer
## dimensions : 528, 841, 444048 (nrow, ncol, ncell)
## resolution : 50, 50 (x, y)
## extent : 734843, 776893, 6276616, 6303016 (xmin, xmax, ymin, ymax)
## crs : NA
## source : /tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/r.tif
## names : r
## values : 1, 10 (min, max)
ecpaysage2 contient une série de fichiers dont le shapefile contours
:
library(maptools)
contours <- readShapeSpatial(system.file("extdata/contours.shp", package="ecpaysage2"))
## Warning: readShapeSpatial is deprecated; use rgdal::readOGR or sf::st_read
## Warning: readShapePoly is deprecated; use rgdal::readOGR or sf::st_read
## class : SpatialPolygonsDataFrame
## features : 1
## extent : 734843, 776887, 6276599, 6303016 (xmin, xmax, ymin, ymax)
## crs : NA
## variables : 3
## names : POINTA, POINTB, POINTC
## value : 1, 2, 3
contours
est un objet de la class SpatialPolygonsDataFrame
(package sp
)
RasterLayer
et SpatialPolygonsDataFrame
peuvent être superposés avec la fonction plot
de raster
:
Le package contient un fichier de documentation sous la forme de vignette (traditionnelles sous R). On peut les consulter à partir de la console R :
ou plus directement :
Le package landscapemetrics
sorti récemment permet de calculer toute les métriques paysagères auparavant uniquement disponibles dans Fragstats
.
Le package landscapeR
permet de simuler des paysages simples sous forme de rasters.