Introduction au package R ecpaysage2

4.1 Shape files

ecpaysage2 contient plusieurs fichiers shapefiles dont un jeu de deux fichiers complémentaires

• naizin_parcellaire_2013_L93.shp

• naizin_lineaire_2013_L93.shp

Il s’agit de données colectées par … et … [références biblio].

Les fichiers se trouvent dans le dossier d’installation du package sur votre machine.

On y accède de la façon suivnate :

parcellairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_parcellaire_2013_L93.shp", sep='')

lineairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_lineaire_2013_L93.shp", sep='')

library(sf) ; library(maptools)

## Linking to GEOS 3.7.1, GDAL 2.4.0, PROJ 5.2.0

## Loading required package: sp

## Checking rgeos availability: TRUE

naizin.parcel <- sf::st_read(parcellairef)

## Reading layer `naizin_parcellaire_2013_L93' from data source `/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/naizin_parcellaire_2013_L93.shp' using driver `ESRI Shapefile'
## Simple feature collection with 1272 features and 10 fields
## geometry type:  POLYGON
## dimension:      XY
## bbox:           xmin: 263214.8 ymin: 6779599 xmax: 267891.7 ymax: 6785907
## epsg (SRID):    NA
## proj4string:    +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs

naizin.haie <- sf::st_read(lineairef)

## Reading layer `naizin_lineaire_2013_L93' from data source `/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/naizin_lineaire_2013_L93.shp' using driver `ESRI Shapefile'
## Simple feature collection with 209 features and 1 field
## geometry type:  LINESTRING
## dimension:      XY
## bbox:           xmin: 263205.6 ymin: 6779570 xmax: 267926.1 ymax: 6786210
## epsg (SRID):    NA
## proj4string:    +proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs

maptools::getinfo.shape(parcellairef)

## Shapefile type: Polygon, (5), # of Shapes: 1272

unique(naizin.parcel$TYPE)

##  [1] C L M E F W O A Z X
## Levels: A C E F L M O W X Z

plot(naizin.parcel[,4], pal=c("orange","gold","springgreen1","darkolivegreen1", "darkviolet","brown1","snow","forestgreen","darkgrey","cadetblue1"), main="Type d'occupation du sol")

plot(naizin.parcel[,4], col="white") ; plot(naizin.haie, col="red", add=T, type="l", main="")

4.2 Rasters

Le package contient un ficher raster utilisé comme exemple dans les TD de l’école.

Comme dans le cas des shapefiles, il se trouve sur votre machine dans le dossier “extdata” associé au package ecpaysage2.

Tapez le code suivant pour savoir où se trouve ce dossier :

system.file("extdata", package="ecpaysage2")

## [1] "/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata"

Pour lire un fichier contenu dans le dossier extdata il faut connaître le chemin complet vers ce fichier. Par exemple, pour le fichier r.tif la fonction system.file indique :

system.file("extdata/r.tif", package="ecpaysage2")

## [1] "/tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/r.tif"

On peut lire ce fichier comme on le fait pour n’importe quel autre fichier geotiff :

library(raster)
r <- raster(system.file("extdata/r.tif", package="ecpaysage2")) 

r est un objet de la classe RasterLayer (package raster)

r

## class      : RasterLayer 
## dimensions : 528, 841, 444048  (nrow, ncol, ncell)
## resolution : 50, 50  (x, y)
## extent     : 734843, 776893, 6276616, 6303016  (xmin, xmax, ymin, ymax)
## crs        : NA 
## source     : /tmp/RtmpeME1id/Rinst677b584f97f7/ecpaysage2/extdata/r.tif 
## names      : r 
## values     : 1, 10  (min, max)

plot(r)

ecpaysage2 contient une série de fichiers dont le shapefile contours :

library(maptools)
contours <- readShapeSpatial(system.file("extdata/contours.shp", package="ecpaysage2"))

## Warning: readShapeSpatial is deprecated; use rgdal::readOGR or sf::st_read

## Warning: readShapePoly is deprecated; use rgdal::readOGR or sf::st_read

contours

## class       : SpatialPolygonsDataFrame 
## features    : 1 
## extent      : 734843, 776887, 6276599, 6303016  (xmin, xmax, ymin, ymax)
## crs         : NA 
## variables   : 3
## names       : POINTA, POINTB, POINTC 
## value       :      1,      2,      3

contours est un objet de la class SpatialPolygonsDataFrame (package sp)

plot(contours)

RasterLayer et SpatialPolygonsDataFrame peuvent être superposés avec la fonction plot de raster:

plot(r, axes=F, addfun=plot(contours, add=TRUE), box=F)